环境保护设施主要包括以下四类：
1，污染控制设施，包括水污染物、空气污染物、固体废物、噪声污染、振动、电磁、放射性等污染控制设施，如污水处理设施、除尘设施、隔声设施、固体废物卫生填埋或焚烧设施等；
2，生态保护设施，包括保护和恢复动植物种群的设施、水土保持控制设施等，如为保护和恢复鱼类种群而建设的鱼类繁育场、水电站建设时为洄游性鱼类修建的过鱼设施、为野生动物迁徙而设置的动物通道、为防治水土流失而修建的堤坝挡墙等；
3，节约资源和资源回收利用设施，包括能源回收与节能设施、节水设施与污水回用设施、固体废物综合利用设施、节约土地措施、节材措施等，如为回收利用污水而修建的污水深度处理装置及管道，为回收利用固体废物而修建的生产装置等；
4，环境监测设施，包括水、气、声等污染物或环境质量监测装置；
5，环保搬迁、环保补偿或绿化措施等。
此外，竣工验收调查，还需调查建设项目的环境管理制度与风险应急预案等。
环境影响评价与竣工验收调查对自然保护区均需认真对待
1，环评时对自然保护区等敏感生态保护目标很关注，开发建设项目应尽可能避开自然保护区，如果工程需征点保护区的用地，需依法办理相关手续，并对保护区进行调整（这个过程比较缓慢）。如果评价范围内涉及到自然保护区等敏感生态保护目标，不论自然保护区是否调整，在环境影响评价中，均需预测评价工程建设对保护区结构、功能、主要保护对象及其价值的影响，并在施工及营运期需采取有效措施，减免对保护区的不利影响。
2，竣工验收调查时，也需要特别关注对自然保护区等敏感生态保护目标的调查，即使对保护区进行了合法调整，只能说明当时取得了合法手续，并不等于保护区调整后工程建设就对其无影响了。在竣工验收调查阶段仍需对工程在施工期和试运期对保护区造成的实际影响进行调查，并说明是否按环评及批复要求采取相应的措施，以及措施的有效性。如果是工程建成后新建立了自然保护区，且在工程影响范围内，则需进行深入调查（深入调查内容见规范HJ/T394-2007）。因此，竣工验收调查不能以保护区调整了，对自然保护区就没有影响了，而不进行认真的调查。
生态保护的两个基本点
在开发建设项目环境影响评价的生态保护方面要抓住两个基本点，即土壤和水。这是植物生长的基本条件（当然除此之处，还有空气和阳光等，但一般不缺乏或通常情况下不易为人们所控制），保护了土壤和水，就保护了生态，进而能够维护区域社会经济的可持续发展。
保水，要做到既保护水质和又保护水量。保水质就是防止水污染，努力做到零排放，大幅度削减污染物保证达标排放，实施总量控制。保水量，就是保护水资源，要保护地表水、地下水，做到建设项目内部的水平衡或区域用水的平衡，这包括企业、地区、城镇、农村等不同的区域，做到水资源的循环利用，用水单位做到节水、科学合理地用水；此外，还需特别注意整个流域的用水平衡，实施协调发展、和谐发展、科学发展。
保土壤，也有两个方面，一是水土保持，防治水土流失，二是防止土壤污染和破坏。这方面还包括防治荒漠化、沙化等。
保护了水和土壤，就会有植被，有了植被就会有动物栖息、活动，也可能会有珍稀动植物，就会形成一个完整的食物网，成为一个完整的生态系统。
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